肝细胞癌等肿瘤与基因组遗传变异的关联及其相关信息平台的构建

【摘要】探索人类基因组中的大量遗传变异对生命活动的影响是后基因组时代研究者们面临的一个重要任务。尤其遗传变异与癌症的关系是目前研究的热点之一,该领域的研究进展将为人们探索癌症发生发展的分子基础提供有价值的线索,并将有助于癌症个性化诊疗的发展。单核苷酸多态性(简称为SNP)是个体中最常见的遗传变异类型,并且可能与个体的癌症发病风险有关。近年来,关于SNP与常见癌症易感性关系的研究不断出现,但由于大多数单个研究的样本量相对较小,因此未能得出SNP与癌症关系的确定结论。Meta分析可以将相关研究中所有的病例和对照数据进行汇总分析,因此能更好的评估SNP与相应癌症发病风险的关联。为了探索SNP与癌症易感性的关系,本课题围绕多种癌症开展了一系列meta分析研究：对乳腺癌的研究显示TNFα-308G/A多态性显著影响其发病风险,对结直肠癌的研究发现TGFB1-509C/T多态性和MDM2309T/G多态性都与其发病风险显著相关,对胃癌的研究提示XRCC3T241M多态性很可能在亚洲和高加索人群中对其发病发挥相反的作用。通过上述meta分析研究,我们也注意到如果能够开发癌症遗传变异贡献的综合信息平台,解决meta分析的时效限制,同时添加样本人群的生活环境和生活方式等信息,将更好的满足基础研究者和临床医生对癌症遗传数据不断增长的需求。我们以肝细胞癌(简称为HCC)为对象,在论文的第二部分进行了相关信息平台的开发。我们首次系统搜集和整理了与肝细胞癌之间的相关性已被研究过的所有人类遗传变异的详细信息,构建了肝细胞癌遗传变异贡献的综合信息平台——dbHCCvar在线数据库。在数据库的构建过程中,我们首先在PubMed数据库中进行文献搜索和严格的筛选,选出所有符合条件的文献。然后我们将每一篇符合条件的文献的主要研究数据提取出来并记录在dbHCCvar数据库中。此外,我们还为数据库添加了许多便于用户使用的设计：首先,dbHCCvar数据库为用户提供了多样化的搜索方式以及浏览和下载数据库全部数据的服务。其次,dbHCCvar数据库的各条记录中都添加了一些原始文献中报道的样本人群的补充因素信息,包括样本人群的肝硬化情况、乙型肝炎病毒(简称为HBV)感染情况、丙型肝炎病毒(简称为HCV)感染情况、黄曲霉素的影响情况、饮酒情况以及吸烟情况,以便于用户对多种与肝细胞癌相关的因素进行综合分析。此外,我们还采用了双途径数据更新系统对dbHCCvar数据库进行及时的更新。目前,dbHCCvar数据库共有820条记录,这些记录涵盖了636种人类遗传变异,共参考了235篇文献。dbHCCvar数据库对所有的访问者免费开放,用户可以通过以下网址进行访问：http://GenetMed.fudan.edu.cn/dbHCCvar。综上所述,本课题应用meta分析方法探索了SNP等遗传变异对常见癌症的贡献,并在此基础上首次构建了肝细胞癌遗传变异贡献的综合信息平台,为其他癌症同类平台的开发奠定了坚实的方法学基础。本文的这些研究成果将有助于科学家和临床医生获取更为全面、系统的癌症遗传数据,从而加深对癌症与遗传变异关系的认识,并最终促进新的癌症遗传标记的寻找和鉴定,推动癌症的预防、诊断以及个性化治疗的发展。
【作者】方芳；
【导师】余龙；
【作者基本信息】复旦大学，遗传学，2013，博士
【关键词】遗传变异；meta分析；肝细胞癌；dbHCCvar数据库；信息平台；

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